南京祿口國際機場曾在2021年夏天暴發疫情并引發大范圍傳播，導致南京、揚州以及省外多個城市超過800人感染。2022年3月31日，最高檢發布發布第十六批全國檢察機關依法辦理涉新冠肺炎疫情典型案例，其中披露了這次疫情暴發的詳情。
國家衛健委2021年8月份曾表示，南京祿口國際機場疫情是一起德爾塔變異毒株輸入國內引發的突發公共衛生事件，當時是繼武漢疫情之后波及國內范圍最廣、感染人數較多的疫情。
兩公司拒不執行消毒保潔等防疫措施，多人被批捕
2020年3月，南京某某衛生實業有限公司（簡稱“某某衛生公司”）與中國國際航空公司南京營業部簽訂《消毒處理委托協議書》，由某某衛生公司承接中國國際航空公司在南京祿口國際機場的航空器消毒處理服務業務。
根據新冠肺炎疫情防控要求，某某衛生公司按照中國民用航空局和海關總署發布的相關防控方案和操作技術指南，制定了該公司《檢疫處理操作（新冠肺炎）方案》（簡稱《方案》）。在《方案》起草過程中，某某衛生公司總經理繆某某等人針對上述操作技術指南中“應使用含消毒劑的抹布對重點部位進行擦拭”等規定，以人力緊張、工作量較大、增加成本為由，將“抹布擦拭消毒”改為“消毒液噴灑消毒”。
2020年4月，某某衛生公司《方案》實施。其后的消毒作業中，某某衛生公司未組織開展針對新冠肺炎病毒的消毒作業培訓，消毒作業中普遍存在消毒時間短、消毒劑用量不足并虛假填報消毒記錄單的現象。12月，某某衛生公司被中國東方航空公司投訴。接到投訴后，繆某某等三人召集某某衛生公司機場檢疫部全體人員開會，從節約成本、創造利潤的角度考慮并未整改。后某某衛生公司向中國東方航空公司反饋了虛假的整改意見。
另外，2019年12月，某某環境服務有限公司（簡稱“某某環境公司”）與東部機場集團達成《飛機客艙保潔服務合同》協議，由某某環境公司承接南京祿口國際機場T2航站樓國際航班以及T1、T2航站樓部分國內航班的飛機客艙保潔業務。
2021年2月，中國民用航空局發布的《運輸航空公司、運輸機場疫情防控指南（第七版）》規定“入境保障區域工作人員應避免與旅客和其他人員同時混用公共設施，盡量固定工作及上下班路線，避免與為國內旅客提供服務的員工混流”，同時明確了“個人防護用品穿脫順序”。
某某環境公司總經理凌某某等人明知上述規定，但為節省成本、追逐利潤，一直將保潔人員混合使用，保潔員休息室、擺渡車等設施也一并混用，企圖通過混崗混流做到國際、國內航班保潔“兩不誤”。
同時，該公司從未組織保潔員工開展規范穿脫防護服的培訓，甚至在2021年1月南京祿口國際機場發現、通報某某環境公司保潔員防護服穿脫、垃圾袋捆扎不符合防疫要求等問題時，唐某某仍未向凌某某等匯報，直接出具整改反饋意見但未實際落實。
2021年7月10日，中國國際航空CA910航班從俄羅斯莫斯科飛抵南京祿口國際機場，其中乘客于某（后經認定系本次疫情的唯一傳染源，其所攜帶病毒為本次江蘇全省疫情的父代病毒）出現新冠肺炎癥狀，航班入境后，由某某衛生公司負責航空器消毒、某某環境公司負責客艙保潔。
該航空器應進行消毒的面積為279.1平方米，根據相關操作技術指南，消毒作業時間為10分鐘，消毒劑季銨鹽用量應為4200ml至5600ml之間，對通道區、盥洗區及廚房等重點區域應使用含消毒劑的抹布擦拭表面。但在實際消毒作業中，某某衛生公司消毒人員按照130平方米的面積對客艙進行消毒，兩名消毒人員分別在客艙內停留3分46秒和6分21秒，消毒劑季銨鹽用量約2900ml，也未對重點區域使用含消毒劑的抹布進行擦拭。因消毒時間、消毒劑用量嚴重不足，消毒操作不規范，導致客艙內新冠肺炎病毒未能徹底殺滅，仍殘留在盥洗區等部位。
某某衛生公司消毒結束后，某某環境公司保潔人員進入客艙進行保潔。在保潔過程中，出現保潔人員現場脫卸防護服不規范、橡膠手套未覆蓋防護服袖口、作業過程中手套滑落、用手套擦拭面部及接觸皮膚等不規范問題，導致保潔人員接觸并感染新冠肺炎病毒。
隨后，因某某環境公司將國際、國內航班保潔人員混崗混流，共用擺渡車、休息室，導致新冠肺炎病毒在該公司保潔人員之間傳播。2021年7月12日、7月13日，南京祿口國際機場開展核酸檢測例行“周周檢”，某某環境公司保潔人員漏檢16人（漏檢人員中有6人感染新冠肺炎病毒）；7月15日至7月19日，某某環境公司5名保潔員先后出現發熱、咳嗽、咽痛、乏力等癥狀前往醫院就診，該公司相關責人對上述情況均不掌握，導致新冠肺炎病毒感染者未被第一時間發現，病毒進一步向南京祿口國際機場進而向社會傳播。
直到2021年7月19日，南京祿口國際機場開展核酸檢測“周周檢”，發現9管混采咽拭子檢測呈陽性，感染者均為機場保潔人員和地面服務人員。江蘇省、南京市隨即啟動新冠肺炎疫情防控應急響應機制。隨后，江蘇省南京市、揚州市等地出現大規模新冠肺炎疫情。7月19日至8月30日，江蘇省累計報告本土確診病例820例，給人民群眾健康和經濟社會發展造成特別嚴重的后果。
2021年8月9日，經江蘇省公安廳指定管轄，江蘇省鎮江市公安局潤州分局先后對某某衛生公司、某某環境公司以涉嫌妨害傳染病防治罪立案偵查，并對相關責任人員采取指定居所監視居住和取保候審措施。11月22日，偵查機關以犯罪嫌疑人繆某某、汪某某、楊某某、凌某某、張某某、唐某某等6人涉嫌妨害傳染病防治罪提請批準逮捕。12月11日，鎮江市潤州區人民檢察院依法對繆某某等5人批準逮捕，對因身體狀況不適宜羈押的犯罪嫌疑人張某某作出不批準逮捕決定。
南京毛某某造成揚州疫情廣泛傳播被批捕
2021年7月16日至20日，犯罪嫌疑人毛某某多次在南京市江寧區祿口街道某棋牌室打牌，一同打牌的有多名南京祿口國際機場的清潔工作人員。
同年7月20日22時55分，南京發布《關于南京祿口國際機場發生新冠病毒檢出陽性情況的通報》，要求組織開展核酸檢測，市民需支持配合。當晚23時始，居住于南京市江寧區祿口街道某小區的毛某某接到鄰居楊某某的電話提醒下樓做核酸，并聽到小區喇叭通知，毛某某輕率地認為自己不可能感染新冠病毒，未參加核酸檢測。
7月21日，因擔心疫情嚴重無法離開南京（每月中下旬，毛某某需赴其母醫保參保地揚州報銷醫藥費并購買藥品），毛某某于6時40分許乘坐公交車到江寧汽車客運站，經測溫、登記蘇康碼后，于8時40分乘坐大巴離開南京，10時許到達揚州西部客運樞紐。經查驗身份證、健康碼、行程碼、測量體溫后，毛某某被車站工作人員留下進一步核實情況，并被告知揚州疫情防控相關要求，同時簽署內容含“來自中、高風險地區人員需到居住地社區報備”的《承諾書》。后毛某某乘坐公交車到揚州市邗江區某小區其姐家中。
同日中午，毛某某所居住南京小區的鄰居楊某某、同學韓某某電話告知毛某某南京新冠疫情嚴重，提醒其盡快進行核酸檢測。毛某某不以為然，并于當日下午至揚州某棋牌室打牌三小時，全程未佩戴口罩。同時，棋牌室也沒有執行要求戴口罩、測體溫等防疫措施。
7月22日，毛某某出現流鼻涕、輕度發熱癥狀后，依舊沒有采取防護措施即前往棋牌室打牌。同日17時許，揚州指揮部發布《揚州市新冠肺炎疫情防控通告》，要求7月6日以來有南京市中、高風險地區旅居史的人員，主動向社區報告，立即開展核酸檢測，并在電視、報刊、抖音、微信公眾號等媒體發布。同日，與毛某某在南京棋牌室打牌的高某某被確診為新冠陽性。
7月23日，毛某某仍未采取防護措施繼續外出購物、打牌。7月24日12時許，毛某某丈夫趙某通過微信告知毛某某其居住的南京某小區有確診病例，已被調整為中風險地區，小區已于23日18時起被封閉。毛某某仍未按照防疫要求向揚州當地社區報備，也未進行核酸檢測，繼續前往棋牌室打牌、外出購物、就餐，期間未佩戴口罩。
7月25日、26日，毛某某發熱癥狀持續，在家休息。
7月27日14時9分，揚州警方接到知情群眾舉報稱毛某某從南京中風險地區到達揚州且身體出現發熱等癥狀后，會同揚州當地社區尋找毛某某，并至社區衛生站詢問。14時46分，毛某某因病情加重，前往社區衛生站就診，表示自己發熱需要掛水治療。衛生站按規定拒絕接診發熱病人，并且告知毛某某需要至正規醫院發熱門診就醫，同時詢問毛某某是否為社區正在尋找的相關人員，其予以否認。
后毛某某自行前往揚州友好醫院就診，途中多次接到警方、疾控部門電話聯系，均不回答問題或掛斷電話。15時許，毛某某在接受友好醫院問詢時，故意隱瞞了南京中風險地區旅居史，謊稱在一個月前即從南京至揚州，并否認有發熱、咳嗽等癥狀。警方獲知毛某某在友好醫院后，立即前往該處將其控制，并詢問其14天活動軌跡和接觸史，毛某某未如實告知。7月28日，毛某某被確診感染新冠肺炎。期間公安機關多次對毛某某進行詢問、訊問，其直至9月13日第4次接受訊問時才全部交代自己的活動軌跡和接觸史。
毛某某確診感染新冠肺炎導致揚州友好醫院被封閉，大量醫護人員被隔離。經查，毛某某密切接觸者169人、次密接570人被采取隔離措施，其中70人確診，當地政府為疫情防控耗費了大量的人力、物力、財力。毛某某的行為嚴重妨害了揚州疫情防控秩序，造成惡劣的社會影響。
2021年7月29日，因涉嫌犯罪，公安機關對毛某某立案偵查。8月17日，公安機關對毛某某采取指定居所監視居住強制措施。2022年2月15日變更強制措施為刑事拘留。2月21日，公安機關以毛某某涉嫌妨害傳染病防治罪提請批準逮捕，2月27日，檢察機關對其批準逮捕。