東方中科近日接受機構調研時表示，公司控股股東為東方科儀控股集團有限公司，實際控制人為中國科學院控股有限公司。中國科學院控股有限公司是是經國務院批準設立的首家中央級事業單位經營性國有資產管理公司，是國家經營性國有資產管理體制改革試點企業。2002年4月12日注冊成立，代表中國科學院統一負責對院投資企業依法行使出資人權利，并承擔相應的保值增值責任。

公司管理層都持有上市公司股份，也一直高度重視公司的市值管理工作。